مهم‌ترین کارکرد بورس‌های کالایی و فلسفه وجودی این بازارها در جهان را می‌توان حذف واسطه‌ها و وصل کردن خریداران و فروشندگان واقعی به هم برشمرد تا بتوانند در بازاری رقابتی به خرید و عرضه محصولات بپردازند. این مکانیزم در کشورهای پیشرفته و مترقی جهان سابقه‌ای طولانی دارد و کالاهای مهم و اساسی کشاورزی چون گندم، جو، ذرت، سویا، کنجاله و شکر سال‌های زیادی است که در بورس‌های بزرگ دنیا معامله می‌شوند، به طوری که قیمت جهانی این کالاها در این بازارها تعیین می‌شود. کشورهای در حال توسعه بسیاری در جهان نیز به این مکانیزم پیوسته‌اند و با پیروی از مدل این بازار به عرضه محصولات مختلف در سطح جهانی می‌پردازند. در کشور ما اما بورس کالای کشاورزی از سابقه چندان زیادی برخوردار نیست و تنها 14 سال از آغاز به کار آن در سال 1383 شمسی می‌گذرد. با گذشت این مدت زمان بورس کالای کشاورزی ایران همچنان با مفهوم بورس به معنای واقعی آن فاصله دارد و نتوانسته است انتظارات از ایجاد این بازار را برای محصولات کشاورزی به عنوان بازاری رقابتی فراهم کند. سوال اینجاست که علت این ضعف چیست و چرا فعالان بازار محصولات اساسی کشاورزی از ایجاد این بازار رضایت چندانی ندارند؟
اصولاً یکی از علل اصلی ایجاد بورس‌های کالایی ضعف‌ها و ناکارآمدی‌های موجود در بازارهای سنتی است که کشورهای در حال توسعه یا حتی توسعه‌نیافته را در مسیر ایجاد این بازار قرار می‌دهد. اما نگاهی به مکانیزم بورس کالای کشاورزی در ایران نشان می‌دهد که این بازار عملاً به واحد فروش شرکتهای دولتی چون سازمان تعاون روستایی، شرکت بازرگانی دولتی ایران و دیگر شرکتهای وابسته به نهادهای دولتی مبدل شده است. هدف عنوان‌شده این شرکت‌ها برای ورود به بازار خرید محصولات کشاورزی چون گندم، شکر و روغن، کوتاه کردن دست واسطه‌ها و دلالان از این بازارها، فروش محصولات کشاورزی به قیمتی منصفانه و جلوگیری از زیان کشاورزان است. این مکانیسم بورس کالای کشاورزی ایران را به بازاری انحصاری مبدل ساخته که تنها یک فروشنده در این بازار به عرضه محصولات می‌پردازد و این عرضه‌کننده انحصاری تعیین‌کننده کف قیمت در بازار است و قادر است در هر زمانی با افزایش یا کاهش عرضه محصول، قیمت را در بازار تحت کنترل خود داشته باشد. محصولات استراتژیک کشاورزی در نقاط دیگر جهان نیز مورد حمایت دولت‌ها هستند؛ اما شیوه این حمایت به گونه‌ای نیست که دولت با ورود به بازار اقدام به قیمت‌گذاری و بخش خصوصی فعال در بازارهای محصولات کشاورزی را حذف کند. نگاهی به علل ایجاد بورس کالایی چون گندم در کشور نیز نشان می‌دهد که هدف از شکل‌گیری این بازار اصولاً کاهش هزینه‌های دولت به دنبال اجرای سیاست خرید تضمینی گندم از کشاورزان بوده است، که به عنوان سیاستی حمایتی سال‌هاست که از جانب وزارت جهاد کشاورزی با صرف بودجه قابل توجهی از خزانه ملی کشور اجرا می‌شود؛ اما شواهد گویای آن است که بودجه دولت دیگر توان پرداخت این مبلغ هنگفت را نداشته و باید راهی برای آن اندیشیده می‌شده است. دولت عرضه محصولات گندم کشاورزان در بورس کالا توسط شرکت بازرگانی دولتی ایران و سپس پرداخت مابه‌التفاوت قیمت تضمینی تعیین‌شده را به عنوان راهی جایگزین برای شیوه خرید تضمینی ارائه کرد که در حال حاضر نیز در حال اجراست. این شیوه بار مالی دولت را تا حد زیادی کاهش می‌دهد و پرداخت‌ها را به مابه‌التفاوت قیمت تضمینی تا قیمت فروش‌رفته در بورس کالای کاهش می‌دهد و از سوی دیگر نقدشوندگی معاملات برای کشاورزان را نیز افزایش می‌دهد. اما نکته‌ای که در این میان مورد توجه قرار نگرفته فلسفه وجودی بورس‌های کالایی و کارکرد واقعی آنها است که همانا متصل کردن فروشندگان و خریداران واقعی به یکدیگر است.
بورس کالایی گندم از جنبه‌ای دیگر نیز نتوانسته است ساز و کار واقعی بورس کالا در سمت عرضه را اجرایی کند. اصولا در بورس‌های کالایی محصولات کشاورزی با کیفیت‌های مختلف با قیمت‌های متفاوتی از سوی فروشندگان عرضه می‌شوند در حالی که گندم با سطوح مختلف گلوتن و پروتئین در بورس کالای ایران به یک قیمت عرضه می‌شود و به علت انحصار شرکت بازرگانی دولتی ایران در این بازار، خریداران ناگزیر از خریداری گندم‌هایی با کلاس‌های متفاوت به یک قیمت هستند. نگاهی به بورس کالاهای کشاورزی در کشورمان به روشنی نشان‌دهنده آن است که دولت ابداً قصد واگذاری این بازار به بخش خصوصی و معامله محصولات در بازار بورس بر اساس مکانیزم بازار را نداشته و عزم خود را برای ادامه تصدی‌گری در این بازار جزم کرده است. بورس کالای کشاورزی زمانی می‌تواند مکانیزم اصلی خود را داشته باشد که عرضه‌کنندگان با دریافت آموزش‌های لازم معاملات بورسی به طور مستقل کالاهای خود را در این بازار عرضه کنند، تنها در این صورت است که دو طرف معامله و در نهایت اقتصاد کشور می‌تواند از مزایای معاملات بورس کالا بهره‌مند شود.
نکته دیگر که در مورد بورس کالای کشاورزی باید به آن توجه داشت جای خالی معاملات آتی در این بازار است، شیوه‌ای از معاملات در بازار بورس که براساس شیوه خرید سلف محصولات کشاورزی شکل گرفته است و در خرید‌های بین‌المللی به عنوان روشی برای پوشش ریسک معاملات مورد استفاده قرار می‌گیرد. مورد دیگر لزوم فرهنگ‌سازی و آموزش برای حضور تولیدکنندگان کوچک و متوسط در بورس‌های کالایی است، این شرکت‌ها عموماً امکان استفاده از بورس‌های کالایی را ندارند؛ چرا که برای انجام معاملات نیازمند مشاوره با کارگزاران بورسی هستند. در حالی که این بخش از تولیدکنندگان کارگزاران بورس را به عنوان دلال یا واسطه در نظر می‌گیرند و تمایلی برای مراجعه به مراکز کارگزاری ندارند. از این رو به نظر می‌رسد عرضه‌کنندگان واقعی محصولات کشاورزی در حال گذراندن مرحله گذار از بازارهای سنتی به سمت بازارهای پیشرفته‌تر هستند و این مهم در درجه اول نیازمند درک لزوم کوچک شدن دولت در اقتصاد از سوی کلیه فعالان اقتصادی است.