با الکترونیکی شدن صدور بیمه نامه ها در گمرک یک لینک بیمه در سامانه جامع گمرکی تعریف و از طریق سامانه جامع گمرکی به صورت هوشمند اعتباری بر مبنای تضامین واقعی شرکت های بیمه در سامانه الکترونیکی گمرک ایجاد شد که در ازای صدور هر بیمه نامه از میزان تضامین بیمه ای به صورت هوشمند کاسته می شود.
در صورت وصول محموله های ترانزیتی در گمرک مبداء یا به اصطلاح رفع تعهدات، مبلغ یاد شده دوباره به صورت خودکار به اعتبار بیمه ای اضافه می شود.
در غیر این صورت مبلغ تضمین تا زمان تعیین تکلیف محموله در حساب الکترونیکی گمرک می ماند.
با راه‌اندازی این سامانه، بیمه‌ها به شبکه الکترونیکی سامانه جامع گمرکی پیوستند و با این اقدام مقدمات ورود بیمه‌ها به پنجره واحد تجارت فرامرزی فراهم شد.
با استفاده از سامانه جامع گمرکی فعالیت بیمه‌های همکار در گمرک به‌صورت الکترونیکی کنترل می‌شود تا علاوه‌بر صرفه‌جویی در وقت و هزینه، از تخلف احتمالی جلوگیری شود.
با صدور بیمه الکترونیک و کنترل هوشمند تعهدات شرکت های بیمه گر یک اقدام پیشگیرانه در جلوگیری از تخلف و سوءاستفاده‌های احتمالی در رویه ترانزیت تحقق یافته است.
یکی از مواردی که قبلا احتمال سوءاستفاده و قاچاق کالاها را در بخش ترانزیت فراهم می کرد نحوه صدور بن های بیمه ای و اعتبار این شرکت ها بود. بن های بیمه ای نوعی تضمین شرکت های حمل و نقل برای عبور کالاهای ترانزیتی از داخل کشور محسوب می شود.
اکنون با الکترونیکی شدن گمرک تضمین های بیمه ای الکترونیکی شده و پس از اخذ تضمین کلی از شرکت های بیمه، میزان اعتبار شرکت ها مشخص و پس از صدور هر بن بیمه، مبلغ تضمین به صورت الکترونیکی از حساب اصلی کم و در صورت کاهش اعتبار به شرکت بیمه ای اعلام می شود نسبت به شارژ اعتبار خود اقدام کند و در غیر این صورت امکان ادامه فعالیت شرکت بیمه وجود نخواهد داشت.
پیش از این در حالت دستی و کاغذی، گاهی بن بیمه صادر و بعد از آن مشخص می شد شرکت بیمه اعتبار لازم و کافی را برای ضمانت تعهد بیمه ای خود ندارد و در صورت قاچاق ترانزیتی تعهدات کافی اخذ نشده بود که این موضوع شرایط تخلف و قاچاق را فراهم می کرد.
عد راه اندازی سامانه جامع گمرکی، گمرک پروانه های ترانزیت را لحظه ای تسویه می کند و با کمک سامانه های هوشمند همه مطالبات بیمه ای گمرک از سال 1392 تاکنون در موعد مقرر وصول شده است.
اکنون همه بیمه نامه ها به صورت الکترونیکی از طریق لینک بیمه با گمرک دریافت می شود و علاوه بر صدور بیمه نامه های گمرکی، میزان اعتبارات تضمینی بیمه ها نیز به صورت هوشمند و الکترونیکی کنترل می شود که امکان جعل و سوء استفاده در آن نیست.
شرکت های بیمه گر در رویه‌های مختلف گمرکی از جمله ترانزیت و ورود موقت به نوعی نقش ضامن را برای شرکت های حمل و نقل و بازرگانان ایفا می‌کنند.